1ノートの得点は特別な場合を除き、そのノートを弾いた時の判定、コンボ数によって決まります。

Combo数が50未満の場合、    得点＝基準値×Combo数 Combo数が50以上の場合、    得点＝基準値×50

この基準値というのはそのノートを弾いた時の判定によります。
PERFECTでそのノートを弾いた場合、基準値は

PERFECT基準値＝1000000÷50÷(その曲のMAXCOMBO-24.5) (小数点以下は切り捨て、MAX49コンボ以上の場合)

で、求まります。
つまり、何をしているかと言うと、曲のノートすべてをPERFECTでとった場合の

基準値×1＋基準値×2＋基準値×3＋・・・＋基準値×49＋基準値×50＋基準値×50＋・・・＋基準値×50

という値が1000000点を超えないような最大の整数である"基準値"を求めているわけです。
他の判定の基準値は、このPERFECT基準値を元に、

GREAT基準値＝PERFECT基準値×0.5 GOOD基準値＝PERFECT基準値×0.2 (いずれも小数点以下切り捨て)

となります。
ところで、先程特別な場合を除き1ノートの得点が決まると書きました。その特別な場合というのが
エクセレントを取った場合に限り、最後のノートの得点がアップ します。(FullComboや途中で切った場合は上がりません)
具体的にどのくらい上がるのかと言うと、

エクセ時の最後のノートの得点＝1000000-PERFECT基準値×50×(その曲のMAXCOMBO-25.5) (MAX49コンボ以上の場合)

だけ上がります。
これも何をしているのか説明しますと、先程の
基準値×1＋基準値×2＋基準値×3＋・・・＋基準値×49＋基準値×50＋基準値×50＋・・・＋基準値×50
という値をXとすると、1000000-Xという値が最後のノートの得点に加算されます。
つまり、ノートの得点だけを見ると、エクセをとった場合にぴったし1000000点になるように、最後のノートで帳尻合わせを行っているわけです。

ワイリングボーナスは、ワイリングをした際に加算される得点です。計算式は以下のようになります。

XGの場合 Combo数が50未満の場合、    得点＝100×Combo数 Combo数が50以上の場合、    得点＝5000 XG2の場合 Combo数が500未満の場合、    得点＝100×Combo数 Combo数が500以上の場合、    得点＝50000

ワイリングを行った後、右側のレーンにWAILINGという表記が出ている間(約3秒間)、1ノートあたりの得点が2倍になります。
これは前述したエクセの最後のノートの得点も2倍となります。(Strike Party NovGで確認しました)
このことは後述しますが、遅延ワイリングにおいて非常に重要な事項です。
得点が2倍となっている間、2倍対象のノートとPERFECTなどの判定文字が光るので判別しやすいかと思います。

ロングノートを押している間、一定間隔ごとに100点のボーナス得点が入ります。
これはロングノートの長さに関係なく、1ロングノートあたり最高500点の得点が入ります。

前述の内容すべてを踏まえて、X-Trial〜OPENING Trial〜課題曲のLove☆Carnival ExpGについて少し検証してみましょう。(サイトに譜面を載せてあるので、そちらも参考に。またX-Trialのスコア計算とは少し違いますが、基本の考え方は同じだと思います。)
まず、この譜面のMAXCOMBOは321なので、
PERFECT基準値は1000000÷50÷(321-24.5)=67.45...小数点以下切り捨てで「67」
つまり、50コンボを超えると1ノートあたり50×67＝3350点のスコアが入ることになります。
では次にエクセ時の最後のノートの得点は
1000000-PERFECT基準値×50×(321-25.5)=10075点
となり、通常のノートと比べ約7000点近い差が生じます。
何が言いたいのかと言いますと、前述のワイリングによる得点2倍ボーナスが最後のノートにあるのとないのとではスコアにかなりの差がついてしまうのです！

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左の譜面を見てみましょう。これはLove☆Carnivalの最後の部分です。 最後から2個目のワイリングノートから最後のワイリングノートまでは約3.05秒あります。 当然、ワイリングを上げっぱなしにしていると、ワイリングが反応してから3秒経った後に最後のノートを 弾くことになるので、10075点のボーナスが入りません！ これはMAXスコアが100万点基準というのを考えるとかなり大きいです。 そこで、遅延ワイリングを使い、最後から2個目のワイリングノートを弾いてから少し経った後、かつ、その次のノートの手前でワイリングを上げることによって、10075点のボーナスを得ることができます。 ややこしいですね。